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一、第一性原理/量化计算:
常用软件:VASP、MS等
1. 电子结构及常见性质:HOMO-LUMO、π-π相互作用、静电势、Bader电荷、Fukui函数、晶格常数优化、功函数、CBM/VBM、费米能级、DOS、d带中心、ELF、原子电荷、、能带结构、差分电荷密度、第一性原理分子动力学(AIMD)。
2. 催化性质: HER、OER/ORR、NRR、CO2RR、其他催化反应。
3. 能量计算:表面反应过渡态搜索、扩散能垒、吉布斯自由能、形成能、吸附能。
4. 磁性:磁矩、自旋电荷密度、磁各向异性能。
5. 力学性质:弹性常数/杨氏模量。
二、分子动力学/生物模拟:
常用软件:Gromacs,Amber,Autodock,MS,DS,Desmond,AlphaFold,RosettaFold等
1. 蛋白结构建模:同源建模、从头建模;
2. 分子对接:蛋白-小分子对接、核酸-小分子对接、小分子-小分子对接、小分子-聚合物对接、蛋白-蛋白对接、蛋白-多肽对接、蛋白-核酸对接;
3. 相互作用模式分析:氢键作用、疏水作用、共轭作用、静电作用
4. 蛋白空间构象变化分析:在不同电场、温度、浓度、pH条件下蛋白结构的空间结构变化
5. 蛋白小分子动力学模拟分析:如RMSD、RMSF、回转半径、SASA、MSD、氢键数量、氢键热图、结合自由能分析、能量分解
6. 弱相互作用分析:NCI分析、IGM分析、IGMH分析
7. 分子自组装分析:蛋白小分子自组装、小分子自组装、多肽自组装、聚合物自组装
8. 构效关系分析:3D-QSAR
蛋白结构建模
疏水相互作用分析
小分子构象分析
蛋白运动性分析
结合自由能分析
氢键数量分析
氢键热图分析
自组装分析
3D-QSAR分析